Saat itu, kemudian ada undang-undang nomor 18 tahun 2000 tentang yayasan yang mengharuskan bahwa setiap yayasan harus didaftarkan ke Kementerian Hukum dan Ham (Kemenkumham).
"Sedangkan yayasan Universitas Wiraraja itu keberadaannya sebelum adanya undang-undang, cukup didaftarkan ke Pengadilan Negeri. Tapi oleh KW sebagai ketua yayasan pada saat itu dan KH. Moh. Ramdhan Siradj SE, MM sebagai pembina itu tidak didaftarkan," bebernya.
Akhirnya, lahirlah kembali yayasan Arya Wiraraja dengan struktur organisasi yang sama dengan ketua yayasa KW dan KH. Moh. Ramdhan Siradj SE, MM sebagai pembina dan jajaran lainnya. Disebutkan, Yayasan Arya Wiraraja yang dibuat di notaris IRA tidak didaftarkan kepada Kemenkumham.
