Setelah Kiai Ilyas wafat pada akhir tahun 1959, kepemimpinan Annuqayah berbentuk kolektif yang terdiri dari para kiai sepuh generasi ketiga.

Kepemimpinan Kolektif

Baca Juga:Akibat Corona, Pendapatan Pelaku Bisnis Telur Ayam di Sampang Anjlok

Kepemimpinan kolektif Annuqayah ini diketuai oleh K.H. Moh. Amir Ilyas hingga wafat pada tahun 1996, dan kemudian dilanjutkan oleh K.H. Ahmad Basyir AS.

Dengan sejarah panjang dan dinamis ini, Pondok Pesantren Annuqayah terus berkembang dan berkontribusi dalam pendidikan dan pengembangan masyarakat hingga saat ini.***