Namun, pasca reformasi para aktivis dan simpatisannya telah melakukan berbagai upaya untuk menghapus citra buruknya di masa lalu dengan memutarabalikan fakta sejarah dan ingin kembali masuk dalam panggung kehidupan berbangsa dan bernegara.
Melalui maklumatnya, MUI meminta dan mengimbau umat Islam di Indonesia agar tetap waspada dan selalu siap siaga terhadap penyebaran paham komunis dengan berbagai cara dan metode licik. MUI juga mendukung sepenuhnya keberadaan TNI sebagai penjaga kedaulatan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sekaligus pengawal Pancasila.
