Pada tahun 1991, yayasan ini mendirikan TKA dan TPA sebagai wadah pembelajaran metode Iqro’ dan Qiroati, yang sebelumnya dipelajari melalui studi banding ke Yogyakarta dan Semarang.
Bersamaan dengan berdirinya TK, Al-Mujtama’ juga membuka jenjang pendidikan lanjutan dengan mendirikan Madrasah Tsanawiyah (MTs) pada tahun 1989.
Setahun kemudian, pada 1990, pesantren yang sebelumnya hanya menerima santri nyolok (santri tidak menetap), mulai membuka pendaftaran bagi santri putri mukim.
Berangkat dari keinginan masyarakat, Al-Mujtama’ berkembang pesat dan kini memiliki jenjang pendidikan dari PAUD hingga perguruan tinggi.
Setiap jenjang dilengkapi dengan fasilitas modern, serta didukung oleh tenaga pengajar yang merupakan alumni pesantren dan perguruan tinggi terkemuka di dalam maupun luar negeri.
