Pada awalnya, Al-Mujtama’ hanya diperuntukkan bagi santri putri, mengingat tantangan besar dalam pembinaan dan pengawasan mereka.
Namun, seiring perkembangannya, pesantren ini mulai menerima santri putra dewasa, setelah melalui pemikiran dan pertimbangan yang matang.
Fasilitas pertama yang dibangun adalah Masjid dan Musholla Putri, disertai pendirian Taman Kanak-Kanak (TK) pada tahun 1989.
Keberadaan TK ini menjadi ikon penting bagi Al-Mujtama’, mengingat banyaknya anak-anak di sekitar yang masih buta huruf, terutama dalam membaca Al-Qur’an.