Untuk mengisi kekosongan, keluarga besar pesantren meminta RKH. Ahmad Mahfudz Zayyadi, menantu RKH. Abd Majid, yang saat itu telah 12 tahun bermukim di Banyuwangi, agar kembali dan memimpin pesantren.
Pada tahun 1959, beliau resmi mengambil alih kepemimpinan dan membawa perubahan signifikan bagi Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata.
Selama 26 tahun kepemimpinannya (1959–1986), sistem pendidikan semakin berkembang dan pesantren kembali menjadi pusat keilmuan yang berpengaruh di Madura.
Setelah wafatnya RKH. Ahmad Mahfudz Zayyadi pada tahun 1986, kepemimpinan beralih kepada RKH. Abd. Hamid Ahmad Mahfudz Zayyadi pada tahun 1987.
Beliau membawa pesantren ke era modern, tetap mempertahankan nilai-nilai salaf, tetapi juga membuka diri terhadap perkembangan zaman.
Jejak Keilmuan dan Ulama yang Mewarnai Pendidikan
Sebelum menjadi pengasuh, RKH. Abd. Hamid Ahmad Mahfudz Zayyadi menempuh pendidikan di Pondok Pesantren Sidogiri, Pasuruan, selama tujuh tahun, lalu melanjutkan studinya di Mekah selama 12 tahun.
Di sana, ia berguru kepada ulama besar seperti Sayyid Muhammad Amin Kuthbi, Sayyid Alawi Al-Maliki, Sayyid Muhammad Hasan Al-Yamani, dan Syeikh Yasin bin Isa Al-Padangi.
Keilmuannya yang luas membawa pengaruh besar dalam pengembangan kurikulum dan sistem pendidikan di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata.
