Putra beliau, RKH. Abd Qadir, masih menuntut ilmu di Mekah, sementara menantunya, RKH. Ahmad Mahfudz Zayyadi, telah menetap di Pondok Pesantren Nurul Abror, Banyuwangi.

Dalam periode ini, pesantren sempat terbengkalai. Rumput liar tumbuh hingga setinggi lutut di sekitar area pesantren, mencerminkan kondisi stagnasi yang dialaminya.

Untuk sementara waktu, RKH. Abd Hamid Bakir, putra RKH. Abd Majid yang menjadi pengasuh Pondok Pesantren Banyuanyar, berusaha mengisi kekosongan dengan memberikan pembinaan secara berkala.

Kembalinya RKH. Abd Qadir dan Tragedi yang Menghentikan Langkahnya

Harapan untuk membangkitkan kembali pesantren muncul ketika RKH. Abd Qadir kembali dari Mekah pada tahun 1959 dan mengambil alih kepemimpinan.

Namun, takdir berkata lain. Hanya beberapa bulan setelah kembali, pada 5 Agustus 1959, beliau wafat.

Kematian RKH. Abd Qadir menciptakan kekosongan kepemimpinan untuk kedua kalinya.

Kondisi ini semakin mengancam keberlanjutan pesantren yang sudah sempat mengalami keterpurukan.

Kepemimpinan Baru: Bangkit dari Keterpurukan