Sayangnya, perjuangan Trunojoyo berakhir tragis. Setelah mengalami kekalahan dalam pertempuran, ia akhirnya ditangkap oleh pasukan VOC yang dipimpin oleh Kapten Jonker dan Speelman pada tahun 1679.
Ia kemudian diserahkan kepada Amangkurat II dan dieksekusi di Kartasura. Meskipun gugur dalam pertempuran, Trunojoyo tetap dikenang sebagai pahlawan yang berani melawan penjajahan.
Namanya diabadikan di berbagai tempat, termasuk sebagai nama jalan utama di banyak kota di Indonesia.
Kisah perjuangan Trunojoyo menjadi inspirasi bagi banyak generasi setelahnya. Ia tidak hanya melawan penjajahan, tetapi juga menunjukkan bahwa keberanian dan tekad dapat menggerakkan perubahan besar.
Hari ini, Trunojoyo tetap menjadi simbol perlawanan dan kebanggaan bagi masyarakat Madura.
Semangatnya untuk mempertahankan kedaulatan dan martabat bangsanya masih relevan dalam berbagai aspek kehidupan, terutama dalam menjaga identitas budaya dan semangat perjuangan melawan ketidakadilan.***