Selain itu, kharismanya juga terpancar dalam literatur yang beredar, dimana seringkali kejadian aneh dan luar biasa terjadi ketika santrinya mengamalkan ajaran beliau.
Meskipun menghadapi banyak keterbatasan, terutama dalam pendidikan, Syaikhona Kholil bersungguh-sungguh menimba ilmu dari guru-guru di Madura hingga ke Mekkah.
Bahkan, ketika hendak menimba ilmu ke Makkah, beliau mandiri dengan menjadi tukang petik pohon kelapa, tanpa meminta ongkos kepada orang tuanya.
Karya-karya Syaikhona Kholil juga menjadi warisan berharga bagi umat Islam. Sekitar 33 manuskrip kitab karangannya berhasil dilacak, dan 8 di antaranya berhasil ditulis ulang dan diterbitkan dalam cetakan baru.
