Latar belakang keturunannya yang memiliki hubungan "darah-nasab" akademis dengan Sunan Gunung Jati dari Jawa Barat juga menjadi bagian penting dari sejarah keluarganya.
Wafatnya Syaikhona Kholil di Martajasah Bangkalan pada Kamis, 29 Ramadhan 1343 H atau 23 April 1925 M, tidak menghalangi umat Islam dari berbagai penjuru Indonesia untuk terus ziarah ke makamnya.
Di pesarean Mbah Kholil, yang berada di sisi kanan masjid, mereka bertawasul dan berdoa, mengenang jasa-jasa dan ilmu yang telah beliau wariskan.***
