Sejalan dengan perkembangan zaman yang pada awalnya MTs Mambaul Ulum Bata-Bata hanya menyelenggarakan pendidikan diniyah saja, namun pada akhirnya MTs Mambaul Ulum Bata-Bata secara resmi terdaftar sebagai madrasah yang berhak menurut hukum untuk menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran pada tanggal 15 Februari 1985 dengan nomor SK. L.m./3/892/B/1985. Hal tersebut dibuktikan dengan keluarnya piagam madrasah yang dikeluarkan oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur.
Lambat laun, perkembangan yang berarti mulai tampak setelah berdirinya MTs Mambaul Ulum Bata-Bata yang secara hukum telah menjadi lembaga formal. Hal tersebut semakin tampak ketika MTs Mambaul Ulum Bata-Bata mengikuti program jenjang akreditasi dengan mendapatkan status diakui pada tanggal 25 Januari 1995 dengan SK. Nomor: Wm.06.03/PP.03.2/000263/SKP/1995 dan Nomor statistik madrasah (NSM) 21.2.35.28.07.034,
Sebagaimana aturan baku dalam penyelenggraaan pedidikan formal, jenjang akreditasi harus senantiasa diperbaharui setiap lima tahun sekali, sehingga pada tanggal 14 Januari 1999 MTs Mambaul Ulum Bata-Bata kembali memperoleh piagam akreditasi dengan capaian status yang sama yaitu berstatus diakui dengan SK. Nomor: Wm.06.03.2/115/SKP/1999. Pada tahun 2008 MTs Mambaul Ulum Bata-Bata Panaan Palengaan Pamekasan mengikuti akreditasi madrasah dan berhasil mendapatkan nilai akreditasi A dari BAN (Badan Akreditasi Nasional) dengan SK. Nomor Dp. 008352. Capaian akreditasi dengan peringkat A kembali diraih MTs Mambaul Ulum Bata-Bata pada tahun 2013 dengan nilai 89.
Tidak berhenti disitu, perkembangan pendidikan formal di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata yang dikenal dengan singkatan MUBA ini berlanjut pada jenjang yang lebih tinggi yakni Madrasah Aliyah sebagai jenjang lanjutan bagi siswa yang lulus dari tingkat MTs, sehingga para santri yang selesai mengenyam pedidikan di tingkat menengah pertama dapat melanjutkan pendidikan di tingkat menengah atas. Atas dasar itu pada tahun 1977 MA Mambaul Ulum Bata-Bata resmi berdiri secara formal yang diprakarsai oleh RKH. Abd. Hamid AM, yang merupakan putra sulung dari RKH. Ahmad Mahfud Zayyadi.
Seperti halnya dua lembaga pendidikan formal yang berdiri sebelumnya, kegiatan belajar mengajar di MA Mambaul Ulum Bata-Bata pada awal berdirinya hanya bersifat pembelajaran diniyah (Madrasah B). Namun lambat laun kurikulum pendidikan ini senantiasa dikembangkan dengan memasukkan pelajaran umum di dalamnya.
