Ia menggantikan posisi Ignasius Jonan yang bergeser posisi menjadi Menteri BUMN sejak 27 Juli 2016.
Kemudian, di periode kedua Jokowi menjabat, Budi Karya kembali melanjutkan tugasnya sebagai Menteri Perhubungan.
Budi dikenal sebagai satu menteri yang paling dekat dengan Jokowi.
Sebab ia selalu menjadi pilihan sejak Jokowi masih menjabat Gubernur DKI Jakarta.