Pusat pemerintahan Sumenep juga berpindah-pindah sepanjang sejarah. Dari Desa Banasare hingga Aeng Nyior, Desa Tanjung, kemudian ke Desa Keles, Desa Bukabu, Desa Baragung, dan akhirnya ke Desa Lapataman.
Setelah beralih ke dinasti Tumenggung Kanduruhan, pusat pemerintahan berada di dua lokasi, yaitu di Kampung Karangsabu dan Kampung Atas Taman.
Namun, dari semua Keraton" class="inline-tag-link">lokasi keraton tersebut, hanya Keraton Sumenep yang masih berdiri kokoh hingga saat ini. Gus Muhlis, keturunan keraton, menjelaskan bahwa perbedaan fisik bangunan keraton dari dinasti-dinasti awal dengan yang terakhir terlihat dari ukuran, arsitektur, serta penempatan simbol-simbol dan makna filosofinya.
Keraton Sumenep, sebagai peninggalan dinasti terakhir, menampilkan perbedaan tersebut dalam warna cat, tata letak, dan simbol-simbol yang diletakkan.
