Ia sempat ditahan oleh Kejaksaan Negeri Sumenep dan berstatus sebagai terdakwa dalam perkara dugaan tindak pidana korupsi proyek jalan tersebut. Dampaknya tidak hanya pada proses hukum, tetapi juga terhadap status kepegawaiannya.
Pemerintah Kabupaten Sumenep kala itu mengambil langkah administratif dengan memberhentikan sementara Indra dari jabatannya sebagai Kepala Bidang Pendataan dan Pelaporan di Badan Pelayanan Perizinan Terpadu (BPPT).
Kepala Bidang Pengembangan dan Kesejahteraan Pegawai BKPP Sumenep saat itu, Nurul Jamil, menegaskan bahwa kebijakan tersebut bersifat sementara dan mengacu pada aturan kepegawaian.
“Pemberhentian status PNS Indra Wahyudi ini sifatnya sementara. Sekarang kan yang bersangkutan tidak masuk kantor, karena ditahan,” ujarnya pada tahun 2016 silam, dilansir MaduraPost hari ini, Rabu (25/2).